基質使用二至三茬后，有機基質已完全腐爛，作物殘根也比較多，病菌和鹽分已有積累，此時如需繼續(xù)使用，就要進行過篩，濾去殘根枯葉，再進行大水浸泡漂洗鹽分，晾曬至含水量60%左右時進行藥物熏蒸消毒。
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1、消毒后還應添加新的透氣性好的基質，混合均勻后才能繼續(xù)使用。一般基質使用三茬以上理化性狀已明顯惡化，可以堆放在指定場所任憑日曬雨淋，三至五年后添加新的基質材料，可以繼續(xù)使用或直接施入果園作改良土壤之用。
2、基質通過栽培一茬或二茬作物后，一般需要進行消毒方可繼續(xù)使用，以往人們采用蒸氣消毒、甲醛消毒、溴甲烷熏蒸消毒等。采用甲醛加高錳酸鉀熏蒸的消毒效果非常好，操作方便，很快就可投入生產使用，而且成本低，每1000L基質的消毒成本僅2～3元/次。
3、操作方法：把基質鋪在平整的水泥地面上，厚度30～40cm，長度不限，寬度不要超過4m。
4、在基質上縱橫交錯劃溝，溝深15～20cm，用厚度0.12mm以上的薄膜覆蓋，按每1000L基質用甲醛80～100ml，高錳酸鉀40～50g。先把40～50g/份的高錳酸鉀加入到400～500ml的廣口玻璃瓶內，每隔100～120cm布放一瓶，固定在基質溝內，再將甲醛按80～100ml/份量好，也分別裝瓶擺在相應位置的高錳酸鉀瓶子旁。
5、把基質鋪成20cm厚，濕度調至65～75%，在夏季強光高溫天氣，覆蓋薄膜增溫至65～70℃保持一周，或在冬季最冷時露天凍結兩個月以上也有一定的自然消毒作用。