目前國內常用的無土栽培基質是：砂粒、礫石、蛭石、珍珠巖、泥炭土、巖棉等。另外，爐渣、磚渣、木炭、鋸木梢、蕨根、樹皮和椰糠等也可作基質。基質在使用前需洗凈或消毒。
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1、基地環境保護地：水肥一體化無土栽培，栽培設施全，環境好，栽培環境可控，能有效阻隔病蟲害侵染，沒有過渡期，可直接生產有機蔬菜；而一般土壤栽培，無栽培設施或設施不全，環境好但受環境影響大，難以控制病蟲害侵染，且一般土壤上有機栽培要有2~3 a（年）過渡期。
2、水肥管理及病蟲害防控：保護地水肥一體化無土栽培技術，其水肥一體化,肥水均勻，操作簡便，省工，且病蟲害少，可人為措施控制，基地可以長期使用。一般土壤栽培水肥均勻度難控制，操作麻煩，費工，且病蟲害多，難以人為控制，基地生產多年則病蟲害嚴重。
3、在無土蔬菜栽培中，為防止落花落果，調節植株生長發育，可綜合利用生物激素，噴施乙烯利、矮壯素、九二o、增產靈，濃度要適宜，噴施要均勻。
4、生產中應用的肥料：有機生態型無土栽培和有機基質栽培的肥料主要選用優質有機肥， 包括各種消毒糞肥如雞糞、牛糞、羊糞、馬糞等，餅肥如豆餅、棉籽餅、菜籽餅、芝麻餅、花生餅等。
5、無機肥可選用各種化肥，尤其是復合肥、緩釋肥。生產綠色食品或有機食品時，肥料使用應遵循相關標準的規定。