基質是無土栽培中重要的栽培組成材料，基質的選擇非常重要，因此，對基質應根據具體情況予以精心選擇，基質的選用原則可以從三個方面考慮：植物根系的適應性；基質的更新；是基質的經濟性。
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1、根系的適應性
無土基質的優點之一是可以創造植物根系生長所需要的最佳環境條件，即最佳的水氣比例。在空氣濕度大的地區，一些透氣性良好的基質如松針、鋸末非常合適，而在大氣干燥的北方地區，這種基質的透氣性過大，根系容易風干。北方水質堿性，要求基質具有一定的氫離子濃度調節能力，選用泥炭混合基質的效果較好。
2、基質的更新
基質使用二至三茬后，有機基質已完全腐爛，作物殘根也比較多，病菌和鹽分已有積累，此時如需繼續使用，就要進行過篩，濾去殘根枯葉，再進行大水浸泡漂洗鹽分，晾曬至含水量60%左右時進行藥物熏蒸消毒。消毒后還應添加新的透氣性好的基質，混合均勻后才能繼續使用。一般基質使用三茬以上理化性狀已明顯惡化，可以堆放在指定場所任憑日曬雨淋。
3、基質的經濟性
除了考慮基質的適應性以外，選用基質時還要考慮其經濟性。現已證明，巖棉、泥炭、椰糠是較好的基質，我國的農用巖棉仍需靠進口，這無疑會增加生產成本。泥炭在我國南方的貯量遠較北方少，但南方作物的莖稈、稻殼、椰糠等植物性材料很豐富，如用這些材料作基質，則來源廣泛，而且價格也便宜。
選用基質既要考慮對促進作物生長有良好效果，又要考慮基質來源容易，價格低廉，經濟效益高，不污染環境，使用方便，可利用時間長短以及外觀潔美等因素。