在整個魚菜共生組合里，其實就是一個養(yǎng)細菌的幾個方法，我們?yōu)樗鼈儎?chuàng)造條件，讓它們沒日沒夜的為你工作，各就各位，各按其責的發(fā)展壯大，這才是魚菜共生的關鍵核心。
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在該系統(tǒng)里，必須養(yǎng)二類細菌，一類是發(fā)酵分解魚糞有機物的細菌，另一類是硝化菌，硝化菌負責將分解后產(chǎn)生的產(chǎn)物即對魚有毒對菜不會吸收的氨氮亞硝酸鹽分解轉化為無毒的菜肥：硝酸鹽。
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利用好二類細菌的功能是理論的基礎，其中一類細菌負責把魚糞殘餌等有機物分解為無機鹽，只要是活物吃進后都會有另一種表現(xiàn)產(chǎn)生另一種物質，這類細菌吃的是有機物魚糞等等，拉出來（轉化）的是一種叫氨氮，以固態(tài)或液態(tài)或氣態(tài)，而氨氮在一定環(huán)境及濃度條件下，快速轉化合成為亞硝酸鹽，也是以液氣固的三種狀態(tài)在水體中積聚，而亞硝酸鹽在達到一定濃度時對魚蝦的傷害非常大，所以世界上現(xiàn)在應用最廣泛和有效消滅亞硝酸鹽的就是硝化細菌，而且可以完全徹底的消失。
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這種閉鎖環(huán)工藝的魚菜共生系統(tǒng)可用于大規(guī)模生產(chǎn)，效率高，很大程度上減少水資源的使用。國內外眾多的研究都是基于閉環(huán)共生開展的。