1、地面隔離：無土栽培溫室地面必須設置土壤隔離覆蓋物，采用園藝地布（一種專用于地面鋪設的塑料編織物）或塑料布鋪設整個溫室地面，避免土壤對無土栽培系統的污染，還可以降低空氣濕度。
2、設施封閉：栽培的容器、營養液池、供液管路的封閉性要好，以避免病菌、昆蟲、枯枝爛葉、塵土等污染營養液和侵入作物根部。
3、材料消毒：對種子、種苗、基質、栽培設施及工具應進行嚴格消毒，以杜絕病蟲害的初次侵染源。
4、溫室防護：溫室的通風口及門窗必須增設防蟲網，減少外來蟲源。
5、環境調控：避免出現高溫干燥（預防病毒病）；低溫高濕（預防真菌和細菌病害）；根部溫度過高或過低、根部積水（預防漚根及根腐病）；倒溫差和長期寡照（預防生理衰弱）等不利環境條件的出現。
6、無土栽培不施用人糞尿、廄肥等農家肥料，加之病蟲害相對較少，又不大量施用農藥，不噴灑除草劑，因此，其產品減少了肥料、寄生蟲、農藥以及病菌污染，清潔衛生無公害。